在HCS12系列單片機中，加密可以分成兩種方法：完全加密和使用密碼的加密。這兩種加密的方法根據用戶的需求，使用的場合也有所不同。
完全加密
所謂完全加密，就是將芯片徹底的保護起來，屏蔽對芯片的所有讀操作。在MC9S12DP256單片機中，加密是通過對某一Flash單元($FF0F)編程來實現的。加密后的芯片，BDM編程器對Flash的讀操作就被禁止了。
采用完全加密，讀取ROM代碼的可能性就不存在了，這是一種最為“安全”的加密方法。如果用戶
想修改ROM的內容，唯一的辦法就是將Flash的內容全部擦除，這一操作可以通過BDM編程器來完成。
使用BDM編程器擦除Flash ROM和EEPROM的過程與在普通模式下對片內的Flash ROM擦除操作過程基本一樣，區別是對寄存器或是存儲單元的讀寫要改由BDM命令來實現。通過BDM編程器將一連串完整的擦除指令序列送給單片機，就可將Flash ROM和EEPROM的內容全部擦除了。
在全擦除操作完成后，BDM編程器將系統復位，系統會自動檢查全擦除操作是否成功。如果成功，BDM狀態寄存器的UNSEC位會自動置“1”，系統進入解密狀態。
由于系統靠檢查Flash ROM和EEPROM是否清空來決定系統是否保持加密狀態，所以，如果用戶程序偶然將Flash ROM和EEPROM的內容全部擦除，那么系統也將自動解密。
使用密碼的加密
為了留有讀取ROM代碼的可能，用戶可以采用一種帶有密碼的加密方式。解密時，用戶只要給出正確的密碼(稱為“后門密碼”)，就可以讀寫ROM，而不破壞其內容了。
使用這種方法，用戶需要在加密之前，設定4個字長的密碼，并將其存放在Flash中，MC9S12DP256存放密碼的Flash地址是從$FF00到$FF07。設定的密碼可以隨用戶程序一起下載到芯片中。
解密時，接受用戶輸入的密碼并驗證的工作只能由一個用戶接口程序來完成的，不能使用BDM編程器。接口的方式沒有限制，如SCI、SPI、IIC、MSCAN等等，只要用戶能夠將正確的密碼輸入，任何一種接口方式都是可以的，最為典型的接口是串口。
假設接收的密碼存在變量KEY0-KEY7中，驗證密碼的程序如下：
;******************
;* TEST KEYS
;******************
TESTKEYS
BSET FCNFG,$20 ;置KEYACC為1
LDD KEY0
STD $FF00
LDD KEY2
STD $FF02
LDD KEY4
靈活使用帶密碼的加密解密方法
通過研究我們發現，使用帶有密碼的加密方式，看似給破解代碼留有了可能性，但因為接受和驗證密碼都需要由用戶程序完成，只要用戶程序設計的可靠，這種可能性是很小的。
為了增強用戶接口程序的可靠性和靈活性，我們提出以下幾種可能的設計思路：
針對窮舉密碼的對策：MC9S12DP256的密碼長達8個字節，如果不將密碼限定在ASCII碼的范圍內，那么可以選擇的密碼數量將達到1.8*1019 種。為了防患破解者窮舉密碼，用戶可以設定允許輸入錯誤密碼的次數，如果出錯超過一定次數，接口程序就不再接收新的密碼了。允許出錯的次數可以根據安全需要和使用方便綜合考慮。
靈活的對外接口：使用密碼加解密時，用戶程序使用的對外接口是沒有任何限制的。本文中的串口程序只是一例，MC9S12DP256片內集成了眾多的接口模塊，如SCI、SPI、IIC、MSCAN、J1850等等。使用哪一個接口，用戶可以根據方便和安全考慮自己選擇，這樣也會使破解者難以入手。
用戶程序級密碼驗證：用戶還可以給接口程序增設一級密碼驗證的步驟。只有通過該密碼驗證，才能進一步輸入解密的密碼。因為加密后，Flash ROM就無法讀寫了，用戶程序可以將增設的密碼也保存到Flash中，留待驗證。另外，如果某一個模塊既要作為接受密碼的接口，又有其他的用途，也應該留有一個交互界面，在使用前讓用戶選擇該模塊的用途。
遠程加解密：在很多場合，用戶對于單片機的控制是通過以太網等介質遠程實現的，只要有相應的接口程序，能夠遠程對單片機進行加解密，這無疑會給用戶的工作帶來很大的方便。
